本分局秘書室內設置檔案室，指派專責檔案管理業務人員1人，負責執行本分局檔案之點收、立案、編目、立卷、入庫管理、保存、庫房安全管理、清查、銷毀、移轉、目錄彙送、檢調、機密檔案管理等工作。

本分局檔案最早產生時間為47年；檔案類別為一般行政、檢驗行政、電機、機械、化工、農畜水產品及加工食品檢驗；各類檔案為紙本檔案且保存狀況良好。