總統盃黑客松係為鼓勵公部門及民間單位協力，提供一個公私協力進行共創的平台，讓資料擁有者、資料科學家及各領域專家運用政府開放資料與科技創新方式，共同解決社會問題，以優化政府施政效能，讓人民更有感。

每年總統盃黑客松都會選出前5名的「卓越團隊」，由總統親自頒獎；更有卓越團隊的提案，獲得政府認可，得以申請補助往下推動或直接列入施政計畫。